– Ծնած է Վաղարշապատ, Ալաշկերտի շրջանի Եկմալ գիւղէն գաղթած ընտանիքի մէջ։ – Նախակրթութիւնը ստացած է ծննդավայրի ծխական դպրոցին մէջ, ապա՝ Էջմիածնի Ժառանգաւորաց վարժարանը, աշակերտելով Նիկողաիոս Թաշճեանին։ Անոր ղեկավարութեամբ երկու տարի մասնագիտացած է հայկական նօթագրութեան, մասնակցած է գիտական ու գեղարուեստական մեծ արժէք ունեցող հոգեւոր երգերու ձայնագրութեան ու ժողովածուներու հրատարակման։
– 1874 թուականին Էջմիածնի Գէորգեան ճեմարանին մէջ դասաւանդած է երգեցողութիւն եւ հայ եկեղեցական երաժշտութեան տեսութիւն։
– 1878-ին ուղարկուած է Փեթերսպուրկ, տեղի երաշժտանոցին մէջ մասնագիտանալու համար։ Միաժամանակ վարած է Սուրբ Կատարինէ հայկական եկեղեցւոյ դպրապետի պաշտօնը։
– 1888 թուականին աւարտած է ազատ արուեստագէտի վկայականով եւ քանի մը տարի ղեկավարած է Փեթերսպուրկի հայկական եկեղեցւոյ երգչախումբը, միաժամանակ զբաղուելով հայկական պատարագի մշակմամբ:
– 1891-ին նշանակուած է Թիֆլիսի Ներսիսեան դպրոցի երաժշտութեան դասատու եւ երգչախումբի ղեկավար։ Այդ երգչախումբն է, որ առաջին անգամ կատարած է հատուածներ իր մշակած պատարագէն, զինք համբաւաւոր դարձնելով։
– 1893–1894 թուականներուն Եկմալեան դասաւանդած է Ռուսական կայսերական երաժշտական ընկերութեան Թիֆլիսի բաժանմունքի ուսումնարանին մէջ, ստանձնելով նաեւ ուսումնարանի տեսուչի պաշտօնը:
– 1896 թուականին լոյս ընծայած է «Երգեցողութիւն Սրբոյ Պատարագի»ն։
– Մակար Եկմալեանին աշակերտած են Կոմիտասը, Տիգրան Նալպանտեանը, Արմենակ Շահմուրատեանը, Շարա Տալեանը, Մուշեղ Աղայեանը, Արամ Տէր Յովհաննիսեանը, Անտոն Մայիլեանը, Ազատ Մանուկեանը, Արմէն Տիգրանեանը եւ ուրիշներ։
– Մշակած է լայն տարածում գտած քանի մը տասնեակ ազգային եւ ժողովրդական երգեր. «Ազնիւ ընկեր, մեռնում եմ», «Տէ՛ր, կեցցոյ դու զհայս», «Ո՛չ փող զարկինք, ո՛չ արձագանգ», «Կապոյտ երկնքում աստղեր են փայլում» եւ այլն։
– Մշակած է նաեւ բազմաթիւ ժողովրդական եւ աշուղական երգեր (երգչախումբի կամ մեներգի համար՝ դաշնամուրի նուագակցութեամբ), որոնցմէ հանրայայտ են՝ «Անձրեւն եկաւ», «Լուսնակ գիշեր», «Ջան Կուլում», «Հով արէք, սարեր ջան», «Աղջիկ դու սիրուն», «Վարդ կօշիկս», «Ազնիւ ընկեր», «Կեցցէ Զէյթուն», «Ձայն մը հնչեց»:
– 1895-ին Գէորգ արքեպիսկոպոս Սուրէնեանցի (հետագային՝ Ամենայն հայոց կաթողիկոս) միջնորդութեամբ, Ամենայն հայոց կաթողիկոս Մկրտիչ Ա. Խրիմեան Հայրիկի հայրապետական կոնդակով՝ Հայ Եկեղեցին Եկմալեանի «Պատարագ»ը պաշտօնապէս կ’որդեգրէ, սկիզբ դնելով անոր բազմաձայն կատարման։